El área del Santuario está conformada por las acumulaciones progresivas de sedimentos provenientes del río Magdalena, por bosques de manglar, ciénagas, ríos, caños y áreas pantanosas, y haciendo parte de un complejo de aguas de más de cien ciénagas que presentan diferentes niveles de sedimentación y salinidad.
La Ciénaga Grande es una extensión de 450 kilómetros cuadrados de aguas salobres relativamente tranquilas, con una profundidad promedio de metro y medio. Igualmente forman parte del Santuario otras ciénagas más o menos extensas, como las de Alfandoque, La Piedra, Tamacá, La Tigrera, Mendegua y La Aguja.
El Santuario de Flora y Fauna Ciénaga Grande de Santa Marta, limita:
Norte: Con Caño Grande
Sur: Con parte del Municipio de Remolino y parte norte del Municipio de Pivijay.
Este: Con parte de los Municipio de Pueblo Viejo, Reten y Pivijay.
Oeste: Con el Municipio de Sitio Nuevo y Remolino.
La Ciénaga Grande de Santa Marta y todo el complejo lagunar que conforma se originó como una bahía costera cuyas características fueron modificadas por la formación gradual de una barra o flecha (la actual Isla de Salamanca) y la acumulación progresiva de sedimentos aportados tanto por los brazos deltaicos del río Magdalena como por los ríos que descienden del sector occidental del Macizo de la Sierra Nevada de Santa Marta. Durante el Cuaternario reciente se han formado tres deltas, de los cuales los dos primeros fueron destruidos por la erosión.
La Hidrológía de la Ciénaga Grande se encuentra representada por diferentes cuerpos de agua, entre los más importantes:
Ciénagas: La Aguja, Tigrera, Soledad, Contrabando, Tamacá, Juncal, Mendegua, la Mata, las Piedras y Don Miguel y San Juan.
Ríos: Fundación, Aracataca, y Sevilla.
Caños: Pancú. Mengajo, ají, El Jobo, el Salado, Refugio, Alfandoque, brazo Palenque El Cojo, Condazo, Frayle, Santana, los Palos, la Lechuga, el Ratón, las Puercas y el Manguito.
Fauna
El Santuario se caracteriza por sus condiciones óptimas de conservación lo cual garantiza la estabilidad de su riqueza en la diversidad de especies faunísticas y florísticas:
Dentro de los mamíferos se hallan: el ponche (Hydrochaerishydrochaeris), la zorra manglera (Procyon lotor), la zorra patona (Procyon cancrivorus proteus), el mono colorado o aullador (Alouatta seniculus seniculus), el mico cariblanco o maicero (Cebus albifrons), el ratón silvestre(Oryzomys concolor concolor), el manatí( Trichechus manatus),la nutria (Lutra longicaudis), el tigre (Leo onca centralis),así como variedad de especies de murciélagos (pescadores, nectarívoros, frugívoros e insectívoros).
Sobresalen, así mismo, reptiles como la babilla (Caimán crocodilus fuscus),el caimán aguja (Crocodylus acutus) iguanas (Iguana iguana), boa (Boa constrictor constrictor),cascabel(Crotalus durissus),mapaná rabo seco (Bothrops atrox) y tortuga icotea (Chrysemys scripta).
El grupo de las aves se halla bien representado en el Santuario. Entre ellas cabe mencionar: el pato cuervo o longuillo (Phalacrocorax olivaceus olivaceus) el pato aguja(Anhinga anhinga),, la chavarria (Chauna chavaria), el gallito de ciénaga (Jacana jacana), el gavilán indio viejo (Busarllus nigricollis nigricollis), el gavilán caracolero (Rostrhamus sociabilis), la garza morena (Ardeacocoa), la garza real (Egretta alba), la garza tina(Egretta thula), el alcaldito (Himantopus mexicanus), el carrao (Aramus guarauna),el cabeza de cera ó coyongo o coscongo (Mycteria americana), el garzón soldado (Jabiru mycteria) y el pato cucharo (Platalea ajaja); pisingo (Dendroyigna autumnalis); pisisia (Dendrócygna bicolor).
El Santuario tiene gran importancia como refugio para aves migratorias procedentes de Norteamérica, especialmente pato barraquete (Anas discors) que permanece en grandes grupos de Noviembre a Abril. Además, existen varias especies de aves residentes entre las que tenemos: viudita (Fluvicola pica), pato real (Cairina moschata) y pato malibú (Dendrocygna viduata).
Últimamente se resalta el regreso y avistamiento del Flamenco Rosado o caribeño (Phoenicoptherus ruber) el cual no se reportaba registros hacia más una década en el área del Santuario.
Dentro de la fauna íctica del área se encuentran al menos 53 especies de las cuales 29 son dulceacuícolas y 24 estuarinas, pero en las ciénagas y caños del sector norte del Santuario, cuando avanza la cuña salina, las especies dulceacuícolas se repliegan hacia el sur. Muchas veces pueden presentarse mortandades masivas cuando la salinidad se torna muy alta, esto ocurre por lo general en los meses de febrero a marzo con la aparición de algas cianophitas. Entre las especies dulceacuícolas primarias destacan el bagre tigre (Pseudoplatystoma magdaleniatum), la agujeta (Ctenolucius hujetainsculptus), el bocachico (Prochilodus magdalenae), y el nicuro (Pimelodus clarias), y moncholo (Hoplias malabaricus) entre otros. Como especie invasora resalta en el complejo lagunar la presencia abundante de la mojara lora (Oreochromis cf. niloticus).
En las ciénagas de agua salobre las especies más representativas son, la lisa (Mugil incilis), el sábalo (Tarpon atlanticus) el róbalo (Centropomus undecimalis) la mojara rayada (Eugerres plumieri), el chivo cabezón (Ariopsis bonillai) mapalé (Cathorops spixi).
Flora.
Manglares: Estos ecosistemas están compuestos principalmente por 3 especies de mangle, Avicennia germinans (mangle salado), Rhizophora mangle (mangle rojo) y Laguncularia racemosa (mangle amarillo); eventualmente por una cuarta especie, Conocarpus erectus (mangle bobo). El manglar como ecosistema soporta en diferentes fases del ciclo de vida a numerosas especies de peces, crustáceos y moluscos (en el sistema acuático), así como a numerosos representantes de otras clases faunísticas (mamíferos, aves, reptiles y anfibios).
En los playones inundables y cuerpos de agua pueden encontrarse otras especies vegetales que pueden estar asociadas al manglar, dependiendo de su conformación particular, estacionalidad de inundaciones y variación de la pendiente. Destacan el Helecho de mangle (Acrostichum cf. aereum) y la enea (Typha dominguensis), entre la vegetación herbácea y, entre la vegetación del bosque denso ombrofilo pantanoso se relacionan especies como Pithecellobium lanceolatum, Ficus dendrocida (suan), Lonchocarpus sp., Copernicia tectorum (palmiche), Elaeis oleífera (nolí), Pterocarpus officinalis (tanico) y, Calathea lútea.
Bosque seco tropical: Existen chaparrales formados casi exclusivamente por un árbol pequeño, el chaparro (curatella americana), asociado con el peralejo o noro (Byrsonima sp.). En general en el paisaje de la llanura del Caribe se pueden observar enormes fustes del macondo (Cavanillesia platanifolia) y las asociaciones de la palma de vino (Schellea magdalenica) y la palma amarga (Sabal sp.). Las maderas de este tipo de formación son de las más apreciadas como la teca (Tectona grandis), la caoba (Swetenia macrophylla), el tigrillo (Astronium graveolens), el carreto (Aspidosperma dugandii), el trébol (Platymiscium pinnatum), el algarrobo (Hymenanea courbaril), el iguá (Pseudosamanea guachapele), la ceiba tolua (Bombacopsis quinata), el guayacán (Tabebuia spp.) y el cedro (Cedrela sp.).
Bosque ripario o de vega hasta unos 400 m de anchura, caracterizado por la presencia de suán, pivijay y cantagallos. En sitios pantanosos aparecen asociaciones de ciperáceas y bijao (Talia geniculata).
En terrenos inundables, se presentan, consociaciones de palmiche o sará(Copernicia tectorum), reconocible por su porte (alcanza de 5 a lO m), sus grandes hojas en forma de abanico con peciolos provistos de aguijones y los estipes cubiertos por vainas de las hojas viejas que se han desprendido; y de la palma de lata o corozo de lata (Bactris minor), que forma grupos muy densos cuyos frutos negros son apetecidos por las aves.
En los espejos de agua exentos de salinidad, o durante los meses lluviosos, se desarrollan comunidades de taruya o batata de agua (Eichhornia spp.), hoja de raya (Nymphea ampla) y lechuga de agua (Pistia striatiotes) que llegan a obstruir la navegación.
